在基因工程、轉(zhuǎn)基因動(dòng)物鑒定和遺傳學(xué)研究中,鼠尾直接pcr試劑盒憑借其"剪尾-裂解-擴(kuò)增"的極簡(jiǎn)流程,已成為小鼠基因分型的常規(guī)工具。完成pcr擴(kuò)增后,如何直觀(guān)地觀(guān)察產(chǎn)物是否成功、條帶大小是否正確?瓊脂糖凝膠電泳便是經(jīng)典、可靠的"裁判"。
1.制膠:搭建分離跑道
電泳的第一步是制備瓊脂糖凝膠。通常根據(jù)目標(biāo)片段大小選擇瓊脂糖濃度:若產(chǎn)物在200 bp至2000 bp之間,1%–1.5%的瓊脂糖凝膠即可提供良好的分辨率。將瓊脂糖粉末加入TAE或TBE緩沖液中加熱溶解,待冷卻至約60℃時(shí),按說(shuō)明書(shū)加入核酸染料,倒入制膠板并插入梳子,靜置凝固。梳子形成的孔洞就是后續(xù)"上樣"的樣品槽。
2.上樣:精準(zhǔn)點(diǎn)樣
凝膠凝固后,將其放入電泳槽,倒入緩沖液沒(méi)過(guò)膠面。pcr產(chǎn)物需與上樣緩沖液混合,這不僅增加樣品密度便于沉降到孔底,還含有指示劑幫助實(shí)時(shí)觀(guān)察電泳前沿。同時(shí),在相鄰孔中加入DNA Marker,它像一把"分子尺子",用來(lái)判斷產(chǎn)物片段大小。用微量移液器將樣品依次加入孔中,動(dòng)作要穩(wěn),避免戳破膠孔或交叉污染。
3.電泳:帶電分子的賽跑
蓋上電泳槽蓋子,接通電源,設(shè)置電壓。一般推薦5–10 V/cm,或恒壓100–150 V跑20–40分鐘。DNA帶負(fù)電,會(huì)向正極遷移。小分子跑得快,大分子跑得慢,從而在凝膠中按大小分離。指示劑移動(dòng)到凝膠2/3處時(shí),即可停止電泳。
4.染色與成像:讓條帶顯形
若使用預(yù)染法,電泳結(jié)束后可直接將凝膠置于紫外透射儀或藍(lán)光切膠儀上觀(guān)察。DNA–染料復(fù)合物在紫外光激發(fā)下發(fā)出熒光,呈現(xiàn)出清晰的條帶。拍照記錄時(shí),注意對(duì)比DNA Marker的條帶位置,估算產(chǎn)物長(zhǎng)度是否與預(yù)期一致。若采用后染法,則需將凝膠浸入染色液中孵育后再觀(guān)察。
5.結(jié)果判讀:讀懂電泳圖譜
理想的pcr結(jié)果應(yīng)在預(yù)期位置出現(xiàn)單一、明亮的條帶。若出現(xiàn)多條帶,可能是引物設(shè)計(jì)非特異或退火溫度過(guò)低;條帶模糊或彌散,可能因模板降解、循環(huán)數(shù)過(guò)多或上樣量過(guò)大;沒(méi)有條帶,則需排查裂解是否充分、引物是否失效或反應(yīng)體系是否漏加成分。
瓊脂糖凝膠電泳是鼠尾直接pcr后最直觀(guān)的驗(yàn)證手段。從制膠、上樣到成像,每一步的規(guī)范操作,都是確?;蚍中徒Y(jié)果準(zhǔn)確可信的關(guān)鍵。